(Index1, Index2)だと思います Tableの一意のキーです それ以外の場合は、t.SpecialEventCountへの参照を期待します エラーが発生します。
GROUP BYを使用しても機能しなかったため、サブクエリを使用するようにクエリを編集しました
UPDATE
Table AS t
LEFT JOIN (
SELECT
Index1,
Index2,
COUNT(EventType) AS NumEvents
FROM
MEvents
WHERE
EventType = 'A' OR EventType = 'B'
GROUP BY
Index1,
Index2
) AS m ON
m.Index1 = t.Index1 AND
m.Index2 = t.Index2
SET
t.SpecialEventCount = m.NumEvents
WHERE
t.SpecialEventCount IS NULL