これは古いことに気づきますが、後で見ると、原因/解決策が見つかりました。
通常の.NETWebサーバー（同じマシン上のdbサーバーとWebサーバー）でMySQLの作業を行う必要があったため、MySQLインストーラー（ http://dev.mysql.com/tech-resources/articles/mysql-installer-for-windows.html ）。その小さな吸盤がなくなって、私の.NET machine.configが更新されたようです。これは素晴らしいので、コネクタは.NETでうまく機能します。愚かなインストーラー。とにかく、.NET / SQL Serverアプリ（MySQLとは関係ありません）を使用しようとすると、同じエラーが発生しました。
簡単に修正できます（そして、MySQLを利用するアプリはまだ問題なく動作するはずです）。適切な.NETframweworkmachine.configでMySQLリファレンスをコメントアウトするだけです。
注：エラーが表示されているWebページには、問題のあるmachine.configファイル（および行番号）が表示されます。
以下のリンクの詳細：
http://forums.asp.net/t/1928379.aspx