MySQLは、IDのホワイトリストに基づいて行のブール列の値を条件付きで更新します

ケースステートメントで「ELSE」を実行することを忘れませんでしたか？

UPDATE my_table
    SET field = CASE
        WHEN id IN (/* true ids */) THEN TRUE
        WHEN id IN (/* false ids */) THEN FALSE
        ELSE field=field 
    END

ELSEがない場合、評価チェーンは最後のWHENで停止し、その更新を実行すると想定します。また、更新しようとしている行を制限しているわけではありません。 ELSEを実行しない場合は、少なくとも、すべての行ではなく、必要な行のみを更新するように更新を指示する必要があります（実行しているように）。以下のWHERE句を見てください：

  UPDATE my_table
        SET field = CASE
            WHEN id IN (/* true ids */) THEN TRUE
            WHEN id IN (/* false ids */) THEN FALSE
        END
  WHERE id in (true ids + false_ids)