IDの最大数を持つIDを選択

SELECT color_id AS id, COUNT(color_id) AS count 
FROM products 
WHERE item_id = 1234 AND color_id IS NOT NULL 
GROUP BY color_id 
ORDER BY count DESC
LIMIT 1;

これにより、color_idと、そのcolor_idのカウントが最大から最小の順にカウントされます。これがあなたの望むものだと思います。

編集用...

SELECT color_id, COUNT(*) FROM products WHERE color_id = 3;