一部のユーザーは、mysqlに複数の個別のレコードを持っています

持っている句を追加するだけです

SELECT userId, COUNT(DISTINCT webpageId) AS count 
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

ただし、ID

SELECT userId
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

• SQLFiddleデモ

HAVINGでフィルタリングしている理由 WHEREではなく句 なぜなら、WHERE 句は、集約された列をサポートできません 。