トンネルをPythonコード内に保持することを好みます。トンネルを手動で、または個別に作成するのは嫌いでした。sshtunnelライブラリは非常に使いやすいためです。
これがあなたが望むもののために働くいくつかの簡単なサンプルです。
import MySQLdb
from sshtunnel import SSHTunnelForwarder
with SSHTunnelForwarder(
('sshhost.domain.com', 22),
ssh_password="sshpasswd",
ssh_username="sshusername",
remote_bind_address=('mysqlhost.domain.com', 3306)) as server:
conn = MySQLdb.connect(host='127.0.0.1',
port=server.local_bind_port,
user='user',
passwd='password',
db='dbname')