特定の行の外積があるため、奇妙なことをします。 DISTINCTを使用できます 一意の電話番号のみを取得するキーワード：
GROUP_CONCAT(DISTINCT phones.phone_number) AS phone_numbers,
ドキュメント
を確認してください 。または、WHERE phones.user_id IN (x, x, x, ...)のような条件の電話番号のみを選択する別のクエリで電話番号を取得することもできます。 （xは最初のクエリから返されたIDです。）