Pythonのsqlalchemyのexecute（）とpymysqlを使用してクエリで％をエスケープする方法は？

これはリテラル文字列であるため、ここではバインドされたパラメーターを使用することをお勧めします（ text() ）：

from sqlalchemy import text

connection.execute(
    text("select * from table where "
         "string like :string limit 1"), 
    string="_stringStart%")