MySQLサーバーをリンクサーバーとしてSQLServerに追加することができます。
設定したら、次のようにOPENQUERYを使用してクエリを実行できます。
SELECT t1.colA, t2.colB
FROM SQLdbName.dbo.tablename AS t1
INNER JOIN OPENQUERY(MySQLlinkedservername,
'SELECT colA, colB FROM tablename') AS t2
ON t1.colA = t2.colA