org.hibernate.HibernateException：データベースがネイティブに生成されたID値を返しませんでした

これは、適切に構成されていないテーブル列でIDENTITYIDジェネレーターを使用しようとしていることを意味していると思います。 IDENTITYジェネレーターが機能するには、auto_increment列である必要があります。それ以外の場合、データベースは生成されたIDを返しません。