同じTCPポートで2つのデータベースをホストすることはできません。代わりに、コンマ区切りのリストで各データベースのポートを指定してください。
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
ここでは3306と3307を使用しましたが、任意のポートを使用できます。 Container Engine構成の残りの部分で、これらのポート上のノード間の通信が許可されていることを確認してください（おそらく、デフォルトではこれが当てはまります。GKEは使用しません）。
ほとんどのmysqlドライバーはデフォルトでポート3306に接続しますが、別のポートを指定する方法があります。 2番目のデータベース用に選択した別のポートに接続するようにコードを調整する必要があります。