mysqlは2列でクエリの順序を結合します

    SELECT sr.*,pm.paid
    FROM `sales_report` as sr
    INNER JOIN `payments` as pm
    ON sr.`agent_id`=pm.`agent_id` 
    ORDER BY sr.date, pm.date

最初のテーブルから日付を取得し、最初のテーブルの日付、次に2番目のテーブルの日付で並べ替えます。