GROUP_CONCATを使用して、特定のパーツのすべての仕上げIDを1つの列にまとめることができます。
SELECT pj_items.part_num,
pj_items.qty,
GROUP_CONCAT(PartFinishes.FinishId) as FinishIds
FROM pj_items
JOIN PartFinishes
ON PartFinishes.PartNumber = pj_items.part_num
WHERE job_id = 1
GROUP BY PartFinishes.PartNumber
@comment:ただし、pj_itemsからの行を分離したままにする場合は、PartNumberですでにグループ化されているPartFinishesに参加する必要があります:
SELECT pj_items.part_num,
pj_items.qty,
FinishesGrouped.FinishIds
FROM pj_items
JOIN
( SELECT PartNumber, GROUP_CONCAT(FinishId) as FinishIds
FROM PartFinishes
GROUP BY PartNumber ) FinishesGrouped
ON
pj_items.part_num = FinishesGrouped.PartNumber