複数のインデックスを持つDoctrine2

インデックスプロパティに複数のインデックスを挿入できると思います（ただし、テストする時間がありませんでした）：

indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}

これがお役に立てば幸いです