mysqlを使用して最初のN個の*グループ*を選択します

代わりに、これを結合として実行してください：

SELECT T.*
FROM T join
     (SELECT DISTINCT COMPANY_ID
      FROM T
      ORDER BY 1 DESC
      LIMIT N
     ) TN
     on TN.COMPANY_ID = T.COMPANY_ID;

多くの場合、明示的な結合はinよりもパフォーマンスが優れています where 条項。