配列を使用したPDO更新テーブル

ループの外側でステートメントを準備し、ループ内の値をバインドして実行するのはどうですか。

<?php


if(isset($_POST['submit'])){
    $name = $_POST['name'];
    $roll = $_POST['roll'];


     $sql = "UPDATE student SET name=:name WHERE roll=:roll";
     $query = $con->prepare($sql);

    foreach($roll as $key => $n){
        $query->bindParam(':roll', $n[$key]);
        $query->bindParam(':name', $name[$key]);
        $query->execute();
    }
}