商用環境でMySQLを使用することは合法ですか？

はい。プロジェクトのソースをリリースする必要はありません（ただし、変更されたMySQLコードを含むバイナリ形式でプロジェクトをリリースする場合は、MySQL自体に加えた変更をリリースする必要があります（プログラム全体ではないもののみ））。

もっと簡単に言えば、MySQLを変更し、それらの変更がバイナリ形式で配布されることになった場合は、前述の変更を公開する必要があります。