クエリは次のようになります。同じテーブルに参加しているため、一意のエイリアスの問題が発生します。読みやすくするためにテーブルエイリアスを追加しました。
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;