MySqlデータを取得し、Javascript配列に保存します

while($row= mysqli_fetch_assoc($dbcon,$result)){
    $data[] = array("lat"=>$row["geo_lat"], "lon"=>$row["geo_long"], "value"=>1);
}
echo json_encode($data);

あなたが探しているものを手に入れるはずです。 json_encodeのデータをビルドするときは、jsonの代わりにネイティブのphpタイプを使用するだけで、json_encodeに処理させてください