http://dev.mysql.com/doc/refman /5.0/en/create-index.html
「UNIQUEインデックスは、インデックス内のすべての値が異なる必要があるという制約を作成します。既存の行と一致するキー値を持つ新しい行を追加しようとすると、エラーが発生します。この制約は、 BDBストレージエンジン。他のエンジンの場合、UNIQUEインデックスでは、NULLを含む可能性のある列に複数のNULL値を使用できます。 "
したがって、いいえ、MySQLにNULLを一意の値として処理させることはできません。いくつかの選択肢があると思います。質問で提案したことを実行して、nullの代わりに「特別な値」を格納するか、テーブルにBDBエンジンを使用することができます。ただし、この動作のわずかな違いが、ストレージエンジンの異常な選択を正当化するものではないと思います。