すべてのクエリが遅い場合、SET NAMESはサーバー上で非常に低い優先度を持つ可能性があるため、負荷がなくなるまで待機します。実行に時間がかかる他のクエリがたくさんある場合は、最初にそれらを最適化してみてください。
この「問題」に対する別の解決策は、これをサーバー上のmy.cnfに追加することです。
[mysqld]
init-connect = 'SET NAMES utf8'
これにより、クライアントが接続するときに文字セットがUTF-8に設定されるようになるため、クライアントはこの「クエリ」の結果を待つ必要がなくなります。ソフトウェアでSETNAMESクエリを無効にすることをお勧めします。
主に、これほど時間がかかるセット名がたくさんない限り、あまり心配する必要はありません。