codeigniterで自動ログアウトを防ぐ方法は？

おそらくajaxリクエストを実行しています。これは一般的な問題です...

セッションデータベースを使用してajax呼び出しを行うことは、セッションを更新しないことをお勧めします...

あなたのセッションクラスでこれを作ってください

class MY_Session extends CI_Session {

public function sess_update()
{
    $CI =& get_instance();

    if ( ! $CI->input->is_ajax_request())
    {
        parent::sess_update();
    }
}
}