コードを変更し、次のように実行を並べ替えます。正常に動作するはずです:
Statement statement = connection.createStatement();
statement.execute("insert into student values (3,'kamal')");
connection.commit();
Statement statement1 = connection1.createStatement();
statement1.execute("delete from student where student_id = 3");
connection1.commit();
問題は、以前に実行された挿入ステートメントがまだコミットされておらず、新しい削除ステートメントを実行しようとしたときにテーブルのロックを保持しているため、DB内でデッドロック状態が発生することです。