このような巨大な輸出の問題の一部は、（おそらく）その冗長性によるものです。おそらく何千もの「INSERT」コマンドがあり、一度にロードすると、大量のメモリを消費します。
CSVとまったく同じデータがある場合は、小さなPHPスクリプトを作成して、CSVファイルを1行ずつ調べ、INSERT sqlクエリを動的に作成してから、それを実行します。これにより、挿入のたびに一時変数（フィールドに対応）の値を置き換え続けることができるため、メモリフットプリントを非常に低く抑えることができます。
使おうとしている機能にリンクしました。それはfgetcsvと呼ばれます。このリンクには、他のユーザーが作成した、あなたに役立つと思われるサンプルスクリプトもいくつか含まれています。
頑張ってください！