多対多の関係を持つ複数のテーブルでのJPAクエリ

クエリが間違っている可能性があり、それが問題の原因である可能性があります。

現在使用しているもの：

 SELECT h FROM Hospital h
     INNER JOIN Medical_Service m ON h.hospital_id = m.hospital_id
     WHERE h.Postcode = :postcode AND m.Medical_name = :medical

問題は、Medical_ServiceにHospital_idフィールド（JOINで使用）が含まれていないことである可能性があります。

ネイティブクエリを使用することに満足している場合は、次のように実行できます。

 SELECT * FROM Hospital WHERE Postcode = 3000 AND Hospital_id IN
    (SELECT Hospital_id FROM Hospital_Medical hm INNER JOIN Medical_Service m ON hm.Medical_id = m.Medical_id
    where Medical_name = 'Emergency')

内部SELECTは、緊急サービスを提供する病院のすべてのHospital_idを取得します。次に、外側のselectは、Hospital_idが内側のSELECTにあるすべての病院を選択します（つまり、緊急サービスを提供します）が、郵便番号が3000の病院のみも選択します。

ネイティブクエリを使用するには、次のようにします。

    int postcode = 3000;
    String service = "Emergency";

    StringBuilder sb = new StringBuilder(); 
        sb.append("SELECT * FROM Hospital WHERE Postcode = ");
        sb.append(postcode);
        sb.append("AND Hospital_id IN SELECT Hospital_id FROM Hospital_Medical hm INNER JOIN "
                + "Medical_Service m ON hm.Medical_id = m.Medical_id where Medical_name = '");
        sb.append(service);
        sb.append("')");

    String queryString = sb.toString();
    Query query = em.createNativeQuery(queryString);
    List<Hospital> result = query.getResultList();