あなたがしていることは、苦痛の道をたどることです。 MySQLで復号化/暗号化してデータベースへの暗号化接続を使用するか（重要な場合）、. NETアプリケーションで暗号化/復号化して、暗号化されたデータを適切な列に保存します。
.NETまたはMySQLのバージョンを変更すると、AES実装を混在させると間違いが発生しやすくなり、問題が発生しやすくなります。
ここで、正確に何が間違っているかを知るには、IVがMySQLと.NETの間で互換性があるかどうかを知る必要があります。そうでない場合は、MySQLの実装IVを見つけて、それを提供します。
そして、他の潜在的な問題の原因は、バイト配列をどのように生成したかです（あなたの例ではそれは見られません）。キーがテキストの場合、配列を生成する際に文字エンコードの問題を考慮する必要があります。
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