Sequelizeはクエリで結合テーブルを返します

更新

https://github.com/sequelize/sequelize/issues/2143

    User.find({
    where: {id: userId}, attributes: userFields,
    include: [
      {model: db.Role, attributes: roleFields, through: {attributes: []}}
    ]
});

ただし、最新のSequelizeドキュメントに記載されているバージョンとは一致しません。少なくとも、最新である必要があります。

User.findAll({
  include: [{
    model: Project,
    through: {
      attributes: ['createdAt', 'startedAt', 'finishedAt'],
      where: {completed: true}
    }
  }]
});

または、リファレンスドキュメントに簡単に記載されています：

user.getPictures() // gets you all pictures