フィールドにnullまたは0が含まれている場合にのみ、MYSQLフィールドを更新します

これを試してください：

...
ON DUPLICATE KEY UPDATE
rFormat=VALUES(rFormat),
rFiles=IF(ISNULL(rFiles), VALUES(rFiles), VALUES(rSizeMB)),
rText=VALUES(rText);

私は少し高度なMySQLのもの（IFなど）を使用していないので、これについては肯定的ではありませんが、ほぼ正しいはずです。重要な部分は、rFilesをIFによって返される値に設定することです。