Mysqlは時間マッチングで結合します

これを試してください：

SELECT j.id, j.starttime, j.endtime, j.jobname, c.cpuusage
FROM
(
    SELECT j.id, j.starttime, j.endtime, j.jobname, MAX(c.usagetime) AS usagetime
    FROM jobinfo AS j
    LEFT JOIN cpuinfo AS c
    ON c.usagetime <= j.starttime
    GROUP BY j.id
) AS j
JOIN cpuinfo AS c
ON j.usagetime = c.usagetime

これにより、必要な出力が得られます。各ジョブの開始時刻より前のcpuusageの最新の値を検出します。ジョブの実行中のcpuusageの変更は処理されません。