DDLステートメントは暗黙のコミットを引き起こし、それについてできることは何もありません。この振る舞いを止める方法はありません。
この動作が発生するDDLステートメントは時間の経過とともに変化するため、バージョンを確認する必要があります。
5.1 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/implicit-commit.html
5.5 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/implicit-commit.html
5.6 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/implicit-commit.html
スキーマ、新しいテーブル/列/ビュー/プロシージャなどを拡張するだけの場合、既存のコードには影響しません。自動化は問題ありません。エラーをチェックして修正するだけです。
それらが既存のコードに影響を与える場合は、ケースバイケースで戦略を考案する必要があります。ロールバックがないため、独自のバックアウト計画が必要であり、徹底的にテストする必要があります。
ケースバイケースであるため、特定の状況に対応するために私が提供できることは多くありません。