source commandは、MySQL Workbenchがサポートしていない純粋な（コマンドライン）クライアント固有のコマンドです。 SQLファイルをロードして実行するだけです。
更新 （質問を編集した後）
SQLファイルにDDLが含まれています。 LOAD DATA INFILE ただし、DMLのみをインポートします。 MySQLコマンドラインクライアントのSOURCEに代わるものはありません 指図。ただし、MySQLWorkbenchでのサポートはToDoリストにあります。