データの配列からOptgroupを作成する

まず、以下のようにソース配列を再フォーマットしてみてください：

$result = array();
foreach($depots as $depot){
   $result[$depot->operating_company_name][] = $depot;
}

次に、選択試行を作成するために、

<select name="depot_id" class="form-control">
            <?php foreach($result as $key=>$val): ?>
                    <optgroup label="<?php echo $key; ?>">
                       <?php foreach($val as $option): ?>
                        <option value="<?php echo $option->depot_id; ?>"><?php echo $option->depot_name; ?></option>
                         <?php endforeach; ?>
                    </optgroup>
            <?php endforeach; ?>
        </select>