これが1つの解決策です。これをMySQL5.5.8でテストしました。
SELECT MAX(COALESCE(c2.id, c1.id)) AS id,
c1.driver_id, c1.car_id,
c2.notes AS notes
FROM cars_drivers AS c1
LEFT OUTER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c2.notes IS NOT NULL
GROUP BY c1.driver_id, c1.car_id, c2.notes;
driver_id、car_idの値ごとにnull以外のメモを含む複数の行がある可能性があるため、c2.notesをGROUPBYキーとして含めます。
サンプルデータを使用した結果：
+------+-----------+--------+-------+
| id | driver_id | car_id | notes |
+------+-----------+--------+-------+
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 4 | 2 | 1 | NULL |
| 8 | 3 | 2 | hi |
| 9 | 5 | 3 | NULL |
+------+-----------+--------+-------+
削除について。サンプルデータでは、保持するのは常にdriver_idおよびcar_idごとの最大のid値です。これに依存できる場合は、複数テーブルの削除を実行して、id値が高く、同じdriver_idとcar_idを持つ行が存在するすべての行を削除できます。
DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c1.id < c2.id;
これにより、内部結合の条件でID値が異なる2つの行が必要になるため、driver_idとcar_idの値の特定のペアで1つの行のみが存在する場合は当然スキップされます。
ただし、グループごとの最新のIDが保持したいものであることに依存できない場合、ソリューションはより複雑になります。 1つのステートメントで解決するよりもおそらく複雑なので、2つのステートメントで解決してください。
テスト用にさらに2行追加した後、これもテストしました：
INSERT INTO cars_drivers VALUES (10,2,3,NULL), (11,2,3,'bye');
+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
| 1 | 1 | 1 | NULL |
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 3 | 1 | 2 | NULL |
| 4 | 1 | 2 | NULL |
| 5 | 2 | 3 | NULL |
| 6 | 2 | 3 | NULL |
| 7 | 2 | 3 | NULL |
| 8 | 2 | 3 | hi |
| 9 | 3 | 5 | NULL |
| 10 | 2 | 3 | NULL |
| 11 | 2 | 3 | bye |
+----+--------+-----------+-------+
最初に、null以外のメモが含まれる行が存在する場合に、nullメモが含まれる行を削除します。
DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id)
WHERE c1.notes IS NULL AND c2.notes IS NOT NULL;
+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
| 1 | 1 | 1 | NULL |
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 3 | 1 | 2 | NULL |
| 4 | 1 | 2 | NULL |
| 8 | 2 | 3 | hi |
| 9 | 3 | 5 | NULL |
| 11 | 2 | 3 | bye |
+----+--------+-----------+-------+
次に、重複の各グループから最も高いIDの行を除くすべてを削除します。
DELETE c1 FROM cars_drivers AS c1 INNER JOIN cars_drivers AS c2
ON (c1.driver_id,c1.car_id) = (c2.driver_id,c2.car_id) AND c1.id < c2.id;
+----+--------+-----------+-------+
| id | car_id | driver_id | notes |
+----+--------+-----------+-------+
| 2 | 1 | 1 | NULL |
| 4 | 1 | 2 | NULL |
| 9 | 3 | 5 | NULL |
| 11 | 2 | 3 | bye |
+----+--------+-----------+-------+