エラーの取得：「SERVER_IP」でMySQLサーバーに接続できません（99）

タイムアウトの問題が発生し、接続が多すぎます。 wait_timeoutとおそらくinteractive_timeoutを下げてみてください。

PDO（ここで見たすべての投稿から推奨）を使用しているかどうかはわかりませんが、MySQL接続を永続的なものにして、更新ごとに新しい接続を開き続ける必要がないようにしてください。