AFTERトリガーを使用しても、行はまだコミットされていません。ただし、sys_exec（）はphpスクリプトが終了するまで戻らないため、AFTERトリガーを完了できないため、INSERTをコミットすることもできません。
これは仕様によるものです。結局のところ、同じトランザクション内でさらに多くの操作を実行することも、トランザクションをロールバックすることもできます。これは、トリガーから外部プロセスを呼び出す際の問題です。外部プロセスは、データベース内のトランザクションのスコープ内のデータを見ることができません。
このタスクをトリガーで実行しないでください。せいぜい、トリガーを使用して「フラグ」列を設定してから、フラグが設定された行を検索する外部プロセスを作成してから、そのPHPスクリプトを呼び出す必要があります。そうすれば、正常に挿入されてコミットされた行のみが処理されます。