CNAMEの使用法を見てください。ユーザーにDNSレコードにカスタムCNAMEを作成させ、サイトにこれらへのアクセスを試みさせることは、ドメインの所有権を確認する1つの方法です。
もう1つはもう少し手間がかかりますが、ユーザーに自分のサイトにメタタグを追加してもらい、ページにこのメタ情報へのアクセスと読み取りを試みて、ページにアクセスできることを証明します。つまり、所有権を確認します。
更新：
dns-get-record
DNSレコードの取得と確認に関するPHPのドキュメントについては、こちらをご覧ください（CNAMEこれらの1つである）