Errcode 13、SELECTINTOOUTFILEの問題

rootとしてMySQLにログインしている場合でも、ファイルの書き込みは実際のMySQLデーモンを実行しているユーザーとして実行されます。

つまり、どのユーザーがmysqldを実行しているかを確認し、そのユーザーのディレクトリへの書き込み権限を付与する必要があります。