集計関数がないため、グループ化するのではなく、個別に使用する必要があります
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
order by pid
数字のある行だけが必要な場合
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
order by pid
と行数
SELECT SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
group by SUBSTRING(`page_url`,-3)
order by count(*)