MySQLで同じIDを持つ行のフィールドを連結します

group byを追加する必要があります ：

SELECT m.id, GROUP_CONCAT(distinct(g.loc)) 
FROM mutations m JOIN
    genes g
    ON m.id = g.id
GROUP BY m.id;

その過程で、他にもいくつか学ぶ必要があります。

• 明示的なjoinを使用する 構文。簡単なルール：fromではカンマを使用しないでください 条項。
• テーブルエイリアスを使用する（m およびg ）。クエリの記述と読み取りが容易になります。