これは、既に割り当てたときに配列にカテゴリが残っているためです。できることは、引数を参照として渡す関数を実行し、foreachループで、すでに割り当てられているカテゴリから配列をクリアする機能を持たせることです。以下の簡単な実装。
function getChildren(&$rows, $p = 0) {
$r = array();
foreach($rows as $row_id => $row) {
if ($row['parent_node']==$p) {
$r[$row['product_category_code']] = getChildren($rows, $row['product_category_code']);
unset($rows[$row_id]);
}
}
return $r;
}