なぜこのようにしたいのかわからないが、もっと良い方法がありますが、質問に答えるには次のようにしてください:
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
また、結果をクリアすることを忘れないでください。そうしないと、別のクエリを実行できなくなりますが、削除しても結果が返されるとは思いません。
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
また、1つのクエリが失敗すると、残りのクエリはすべて実行されないことにも注意してください。したがって、デバッグするには、最初に各クエリを個別に実行し、deleteステートメントがクエリを実行する前にデータベースをバックアップし、必要に応じて復元するため、すべてが機能することを確認してください。