MySQLテーブルから重複する値を削除する最良の方法は何ですか？

まず、ProgramNameフィールドとCustIDフィールドにまだインデックスがない場合は、それらにインデックスを追加してみてください。

重複排除

レコードをグループ化して重複を識別することができます。その際、各グループの最小ID値を取得します。次に、IDがMinIDの1つではないすべてのレコードを削除します。

条項内の方法

delete from
 ProgramsList
where
 id not in 
    (select min(id) as MinID
      from ProgramsList
      group by ProgramName, CustID) 

結合方法

グループごとに多数のメンバーがいる場合は、これを複数回実行する必要がある場合があります。

DELETE P
FROM ProgramsList as P
INNER JOIN 
    (select count(*) as Count, max(id) as MaxID
     from ProgramsList
     group by ProgramName, CustID) as A on A.MaxID = P.id
WHERE A.Count >= 2

In-Clauseでパフォーマンスの問題を抱えている人もいれば、そうでない人もいます。それはあなたのインデックスなどに大きく依存します。一方が遅すぎる場合は、もう一方を試してください。

関連： https://stackoverflow.com/a/4192849/127880