1つのクエリで2つのテーブルを更新するにはどうすればよいですか？

MySQLは、実際には1つのクエリで複数のテーブルの更新を許可します（ただし、多くの場合、アプリケーションが一度に1つずつ実行することは理にかなっています）。

UPDATE table_1, table_2
SET table_1.field = <some value>, table_2.field = <some value>
WHERE table_1.field2 = table_2.field_2 
AND table_1.field_3 = <some other value>

参照： http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/en/update.html

他の人が述べているように、プリペアドステートメントの使用を検討する必要があります。