ここでの問題は、いくつかの問題になりました。 abarnertが質問のコメントで指摘したように、システムpythonとvirtualenvpythonが混在していました。これを解決するには、PyDevプロジェクトのプロジェクトプロパティを変更して、virtualenv pythonインスタンスのみを指すようにし、PyDevインタープリター設定でPYTHONPATHを再構築する必要がありました。
これが行われた後、virtualenvで次のコードを実行する必要がありました：
pip uninstall mysql-python
pip install mysql-python==1.2.5
これですべての問題が解決しました。