重複キーでは、Nullまたは空の値のみを更新します

合体でこれを試してください

   ON DUPLICATE KEY UPDATE 
   wp_second.GEARTYPE= COALESCE(wp_first.vessel_type, wp_second.GEARTYPE),
   wp_second.flag= COALESCE(wp_first.flag, wp_second.flag),
   wp_second.vname= COALESCE(wp_first.vessel_name, wp_second.vname)

？ nullの場合に必要な値です