cronjobは、あるデータベースから読み取り、他のデータベースに書き込みます

要するに、違います。 SQLスクリプトは、データベースサーバーで実行するコマンドを提供するだけです。サーバー接続を行うには、まだ何かが必要です。 SQLはあなたのためにそれをしません、それはSQLが意図されていることではありません。

クライアント、mysql / python、または自分に合ったものを使用する必要があります。不必要に問題を複雑にしないことをお勧めします。あなたが今していることは問題ないようです。