DBセキュリティグループは、APIバージョンを使用するVPCDBインスタンスにのみ関連付けることができます

VPCのRDSインスタンスは、RDSセキュリティグループのメンバーになることはできません。代わりに、VPC内のRDSはVPCセキュリティグループに含まれている必要があります。 botoでは、vpc_security_groupsを使用します security_groupsではなくパラメータ（値としてVPCセキュリティグループIDを使用） パラメータ。 botoRDSドキュメント も参照してください。 create_dbinstance()の場合 。