データをすぐにデータベースに入れる必要がない場合は、挿入データをどこかにキャッシュしてから、1つの大きな挿入ステートメントを発行できます。例：
重複更新時にtable_name（x、y、z）値（x1、y1、z1）、（x2、y2、z2）、...（xN、yN、zN）に挿入...;
明確にするために、保留中の挿入のリストを維持します。この場合、（x、z、y）トリプレットのリスト。次に、リストがあるしきい値（N）を超えたら、挿入ステートメントを生成して発行します。
正確なタイミングの数値はありませんが、各行を個別に挿入する場合と比較して、パフォーマンスが約10倍向上しました。
また、Nの値で遊んだことはありませんが、1000がうまく機能することがわかりました。最適な値は、ハードウェアとデータベースの設定によって影響を受けると思います。
これがお役に立てば幸いです（私もMyIsamを使用しています）。