WHERE句を使用したGROUP_CONCATおよびINNERJOIN

WHERE 句はレコードを制限します前 グループ化する。一方、HAVING 句は後の結果を制限します グループ化：

SELECT   course.id, course.name, GROUP_CONCAT(Flag.id) flags
FROM     course
    JOIN course_flags ON course_flags.course_id = course.id
    JOIN flag ON flag.id = course_flags.flag_id
GROUP BY Course.id
HAVING   SUM(flag.name = 'promocja')

sqlfiddle でご覧ください 。