INNERJOINを使用したJSON_ARRAYAGGのMySQLJOINクエリの重複を削除します

これは元の質問に答えます。

tagsも必要ありません usersも クエリ用のテーブルなので、大幅に簡略化できます。

DISTINCT JSON_AGG()では許可されていません 。ただし、サブクエリを使用できます：

 SELECT b.user_id, JSON_ARRAYAGG( b.tag_id) AS tags
 FROM (SELECT DISTINCT b.user_id, bt.tag_id
       FROM bookmark_tag bt JOIN
            bookmark b 
            ON b.id = bt.bookmark_id
      ) b
 GROUP BY b.user_id;

こちら db<>フィドルです。